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> Denn(,) wie der Bürgermeister bereits gesagt hat, ist
> …
Kein Komma. Wenn man denn durch aber ersetzen würde, käme auch keines.
> Was ich nicht verstehe(,) ist(,) warum …
> oder
> Womit wir nicht gerechnet hatten(,) war(,)
> dass ...
Die Kommas sind alle erforderlich. Die Prädikate ist und war stehen hier jeweils für einen ganzen Hauptsatz, bei dem das Subjekt das ausgelassen wurde.
Gruß von Kai