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Gemäß § 74 E1 (3) kann die Fokuspartikel "vor allem" als Bestandteil der Nebensatzeinleitung verstanden werden. Wenn man das tut, verbindet die Konjunktion "und" in deinem Beispiel zwei Nebensätze, die gemäß § 72 (1) nicht mit Komma voneinander abgegrenzt werden:

Noch wusste er nicht, was das zu bedeuten hatte und vor allem was es nach sich ziehen sollte.

Wenn man die Fokuspartikel nicht als Bestandteil der Nebensatzeinleitung verstanden wissen will, muss sie – gemeinsam mit der Konjunktion "und" – dem Hauptsatz zugeordnet werden. Die Kommas werden dann so gesetzt, wie Kai es angegeben hat. Allerdings scheint es mir dann unerlässlich, die Negation zu wiederholen:

Noch wusste er nicht, was das zu bedeuten hatte, und vor allem nicht, was es nach sich ziehen sollte.

Vergleiche etwa: *Noch hatte er nicht nachgeschlagen und vor allem verstanden.