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... im NLP (neuro-lingustischen Programmieren).

Meiner Meinung nach ist nur die gebeugte Form korrekt. Auch wenn es in Klammern steht, es ist als Erläuterung in den Satz eingefügt und muss in Kongruenz stehen. Davon gibt es Abweichungen und vielleicht kann man den Nominativ hier irgendwie begründen, aber standardsprachlich korrekt muss es heißen (im) neuro-lingustischen Programmieren. Mit dem Nominativ würde ich mich nur wohlfühlen, wenn man noch etwas wie "d.h." ergänzt.

Für die Großschreibung gilt letztlich das gleiche. Es ist Teil des Satzes, es ist ein Adjektiv, es wird kleingeschrieben. Man kann es – sollte es aber eher nicht – hinter den Punkt setzen, aber selbst dann heißt es "Neuro-linguistisches/-n Programmieren"; das L bleibt immer klein. Auch da ist eine Abweichung nicht völlig untragbar. Ich habe in vergleichbaren Fällen schon gelesen, dass tatsächlich entsprechend der Abkürzung die Buchstaben großgeschrieben werden (häufig dann auch zusätzlich z.B. durch Fettdruck hervorgehoben). Rein von der Rechtschreibung her gibt es dafür aber eigentlich keine Rechtfertigung.