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Sie war nett gewesen und hatte mich weder geärgert noch hatte sie Andeutungen gemacht.
(Falsche Inversion vermeiden!)

Wenn selbstständige Sätze mit und, oder, beziehungsweise/bzw., entweder – oder, nicht – noch oder mit weder – noch verbunden sind, schreibt man im Prinzip kein Komma (siehe oben). Es ist aber möglich, ein Komma zu benutzen, um die Gliederung des Ganzsatzes zu verdeutlichen (§73).

www.canoo.net/services/GermanSpelling/Regeln/Interpunktion/Komma/Aufzaehlung.html

Ich würde deshalb das Komma vorziehen:
Sie war nett gewesen und hatte mich weder geärgert, noch hatte sie Andeutungen gemacht.