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Verpflichtend sind gar keine Kommas, möglich wäre aber auch die Kommasetzung aus deinem ersten Beispiel, also:

In meinem Informatikstudium habe ich, neben Grundlagen in Python, vertiefte Kenntnisse in der Programmiersprache Java erworben.

In diesem Fall wird die mit Kommata eingeschlossene Wortgruppe stärker betont. Wenn das nicht gewünscht ist, sollten die Kommata weggelassen werden.

Hier der entsprechende Abschnitt aus dem amtlichen Regelwerk:

§ 78 Oft liegt es im Ermessen des Schreibenden, ob er etwas mit Komma als Zusatz oder Nachtrag kennzeichnen will oder nicht.

Dies betrifft
(1) Gefüge mit Präpositionen, entsprechende Wortgruppen oder Wörter:
Die Fahrtkosten(,) einschließlich D-Zug-Zuschlag(,) betragen 25,00 Euro. Die Fahrtkosten betragen 25,00 Euro(,) einschließlich D-ZugZuschlag. Sie hatte(,) trotz aller guten Vorsätze(,) wieder zu rauchen angefangen. Sie hatte(,) bedauerlicherweise(,) wieder zu rauchen angefangen. Der Kranke hatte(,) entgegen ärztlichem Verbot(,) das Bett verlassen. Das war(,) nach allgemeinem Urteil(,) eine Fehlleistung. Er hatte sich(,) den ganzen Tag über(,) mit diesem Problem beschäftigt. Die ganze Familie(,) samt Kindern und Enkeln(,) besuchte die Großeltern