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Tatsächlich traf sie, bereits drei Stunden nachdem wir uns im Reitstall getrennt hatten, zuhause ein.
Das »bereits« gehört mit in den Nebensatz – und in diesem Nebensatz wird kein Komma gesetzt. Siehe auch: http://canoo.net/blog/2017/05/23/drei-tage-nachdem-ist-nicht-drei-tage-nachdem/. Ob ein Satzgefüge nach Eliminierung eines Nebensatzes noch ein vollständiger Satz ist oder nicht, ist nicht von Belang.