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Für Kirchengemeinden nicht, nur für geographische Ortsbezeichnungen: § 46, E2(3). Diese Regel findet aber ausdrücklich nur auf Ortsnamen Anwendung.
Letztendlich braucht es dafür aber keine Regel. „St.“ ist eine Abkürzung für „Sankt“, damit ein eigenständiges Wort. Es handelt sich um den Titel der bezeichneten Person, nach der die Gemeinde benannt ist, genau wie zum Beispiel „Dr. Müller“ (und nicht „Dr.Müller“). Dafür bedarf es keiner eigenen Rechtschreibregel.