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> "Sie umfassen nicht nur die Lehre der Homöopathie, so(,)
> wie sie uns bekannt ist, sondern ..."
> Kann bzw. muss man nach dem Wörtchen "so" ein Komma
> setzen?
Ja, denn es folgt ein Nebensatz (Komparativsatz) und das „so“ ist das Korrelat dafür.
https://dict.leo.org/grammatik/deutsch/Satz/Komplex/Funktion/Adverbial/Modal.html?lang=de#grammarAnchor-Der-23240