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> Allerdings denke ich,
> dass das Fragewort was in der Ellipse nicht etwa deshalb
> nicht realisiert wird, weil es bereits im übergeordneten Satz
> steht, sondern es wird gewöhnlich nicht realisiert.

Was ist denn deiner Meinung nach der »übergeordnete Satz«?

Das Verb »denken« bedarf in der Bedeutung »etwas annehmen/meinen« einer Akkusativergänzung, die in unserem Satz durch einen Objektsatz (Nebensatz ersten Grades in Form eines Fragesatzes) geliefert wird.

Ob der Hauptsatz »(was) denkst du« vom Nebensatz »(was) würde passieren« umschlossen wird oder ob er ihm komplett vorausgeht, ist hier die Frage, die die Setzung oder Nicht-Setzung des Kommas klärt. Was (übergeordneter) Haupt- und was (untergeordneter) Nebensatz ist, sollte hingegen unstrittig sein.

Bei anderen Fragewörtern als »was« steht deren Zugehörigkeit zum Nebensatz natürlich gar nicht erst infrage, weshalb es mit abtrennendem Komma dem den Hauptsatz umschließenden Nebensatz zuzuschlagen ist.