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> Werden Gedanken, wie die wörtliche Rede, in Anführungszeichen
> gesetzt? Wie ist das bei Selbstgesprächen?

Der Duden sagt Ja:

Anführungszeichen stehen bei der direkten Rede und bei direkt wiedergegebenen Gedanken am Anfang und am Ende der Aussage:
»Es ist unbegreiflich, wie ich das hatte vergessen können«, sagte er zu mir. »So – das war also Paris«, dachte sie.

© Duden - Richtiges und gutes Deutsch. 5. Aufl. Mannheim 2001. [CD-ROM].

Aber selbstverständlich kann man Gedanken auch indirekt formulieren. Eine Alternative besteht außerdem (besonders in belletristischen Texten) darin, die Gedanken etwa in Kursivschrift abzusetzen:

Er blickte zum Himmel hinauf und dachte: Das sieht nach Regen aus.

Grüße
Julian