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> Welche Version trifft es am besten?

Zunächst einmal würde ich nicht wahllos zwischen "Vereinsfarbe" und "Vereinfarbe" hin und her springen, schon gar nicht im gleichen Text. Richtig ist nur "Vereinsfarbe".

Ansonsten ist nur die erste Version richtig, die Argumentation hast Du selbst schon geliefert: Die Bezeichnung "Blau-Weiß" kann nur auf etwas angewendet werden, was von diesen Farben ist, zum Beispiel die Vereinsfahne, es sind aber mehrere Farben. Also:

Die Vereinsfarben sind blau und weiß.
Die Vereinsfarben sind Blau und Weiß.

Meiner Meinung nach kann man die Farbbezeichnung in diesem Satz sowohl attributisch als auch substantivisch einsetzen, sprich sowohl Groß- als auch Kleinschreibung sind richtig. Ich würde aber die zweite Variante mit der Großschreibung bevorzugen.

Grüße
Julian