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"Ich war nicht nur einmal im Wasser, sondern zweimal, und ging danach noch aus."

Kein 2. Komma. Das vor sondern muss immer gesetzt werden, aber nach zweimal geht der Hauptsatz weiter - es handelt sich also nicht um zwei Hauptsätze, so dass deine angeführte Regel nicht gilt. Und einen Nebensatz kann ich auch nirgends ausmachen.

Gruß von Kai