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Die Kommas müssen da hin, aber ich schlage vor, eine Kleinigkeit zu ändern:

Die Ausbilderin sollte den Auszubildenden darauf hinweisen, dass es seitens der Bundesagentur ausbildungsbegleitende Hilfen gibt, z. B. für den Abbau von Sprachdefiziten, und ihm raten, sie für sich in Anspruch zu nehmen.

Oder so:

Die Ausbilderin sollte den Auszubildenden darauf hinweisen, dass es seitens der Bundesagentur ausbildungsbegleitende Hilfen gibt (z. B. für den Abbau von Sprachdefiziten), und ihm raten, sie für sich in Anspruch zu nehmen.