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Jaja verwendet man nur, wenn es um den speziellen Ausdruck jaja geht, der keine wirkliche Bejahung darstellt, sondern nur eine Kenntnisnahme, evtl. begleitet durch eine Seufzer. Letztlich ist das auch nur ein doppeltes ja. "Ja, ja" kann aber je nach Tonfall ganz andere Dinge ausdrücken. "Ja ... ja!" mit aufsteigender Betonung und emphatischem zweiten ja drückt Begeisterung aus, das seufzende "jaja" mit absteigender Betonung das Gegenteil. Gesprochen ist das sehr eindeutig. Liest man aber "ja, ja" weiß man zunächst nicht, ob das ein begeistertes "ja ... ja!" ist oder ein wenig begeistertes "jaja". Deswegen behilft man sich in jüngerer Zeit häufig mit der Zusammenschreibung jaja, um das auszudrücken und den Unterschied zu verdeutlichen. Beim seufzenden "jaja" steht entsprechend auch in der Regel kein Ausrufezeichen. (Nur dann, wenn der Sprechende wirklich genervt ist und seinem Gegenüber das "jaja" quasi ins Gesicht brüllt.)
Die Verwendung ist nicht zwingend. Auch das seufzende "jaja" ist eigentlich ein "ja, ja" korrekt geschrieben. Die Zusammenschreibung ist eine mittlerweile standardsprachlich akzeptierte Erleichterung für den Leser.