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> Heißt es nun beispielsweise: der via subtractionis oder die via
> subtractionis? Und wie wäre der Genetiv?

Das große Fremdwörterbuch aus dem Dudenverlag sieht "Via" als weiblich an, ohne explizite Genitivform:

Via die; - : lat. Bez. für Weg; Methode (bes. Philos.);

Via Eminentiae: Methode, etwas durch Steigerung zu bestimmen;

Via moderna: rationalistisch-mathematische Methode des Kartesianismus;

Via naturalis: Bez. für die natürlichen Passagen des Körpers, durch die Stoffe in den Körper gelangen u. durch die sie ihn verlassen können (z. B. der Darmtrakt; Med.);

Via Negationis: Methode, etwas durch Verneinung zu bestimmen.

© Duden - Das große Fremdwörterbuch, 4. Aufl. Mannheim 2007 [CD-ROM]

Zu überlegen wäre, ob Du bei konsequenter Kleinschreibung bleibst oder die Begriffe der deutschen Groß- und Kleinschreibung anpasst.

Grüße
Julian