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Sie haben völlig recht, es heisst: "Seit hunderten von Jahren" oder "Seit Jahrhunderten".

Was die Gross- oder Kleinschreibung anbelangt kommt es oft auf den Satzinhalt an, z.B. schreibt man fast immer:
"Seit 100 Jahren." "Seit einem Jahrhundert."
aber
"Seit hunderten oder tausenden von Jahren"
"10m." "100m" "zehn Meter" "hundert Meter" und
"........hunderte von Metern"
"Jemandem bereits etwas hundertmal gesagt zu haben"
aber
"Es versammelten sich hunderte von Studenten vor den verschlossenen Türen des Auditoriums....."
aber
"Ein Hundertstel, ein Bruchteil einer......"
aber
"hundertfach"
aber
"......Hunderten die Meinung sagen zu müssen"
Allgemein gilt:
Substantivierung = Grossschreibung
Mengenangabe = Kleinschreibung