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Meiner Meinung nach hat das 2 unterschiedliche Bedeutungen. Separat ist äquivalent zu getrennt und neutral formuliert. Separierend betont, dass man die beiden Gruppen auseinanderhalten will (z. B. entweder als Errungenschaft oder als Vorwurf). Weil diese Hervorhebung schon im 1. Satz steht, würde ich wie schon vorgeschlagen 'getrennt' schreiben.

"Die Weiterentwicklung zur Separation (= „Absonderung“) brachte den Fortschritt, dass (fast) alle Kinder und Jugendliche Zugang zur Schule erhielten. Der separate/separierende Unterricht findet in zwei Gruppen (dargestellt in zwei separaten Kreisen) an voneinander abgegrenzten Orten statt (z. B. Allgemeine Schule und Sonderschule)."