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Üblicherweise wiederholt man in solchen Fällen den bestimmten Titel, also
... an der Hochschule Augsburg und der Fachhochschule Emden.
Andernfalls besteht die Gefahr, dass man die "Hochschule Augsburg und Fachhochschule Emden" für ein Institut mit einem besonders langen Namen halten könnte, auch wenn das in diesem speziellen Fall aufgrund der unterschiedlichen Städte eher nicht anzunehmen ist.
Gruß
Julian