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> Ich fragte ihn, ob er schon zur Schule ging/gehe.

In einem solchen Fall geht beides, da durch das "ob" die grammatische Abhängigkeit hinreichend deutlich wird. Allerdings heißt die Alternative zum Konjunktiv Indikativ Präsens:

Ich fragte ihn, ob er schon zur Schule geht/ginge.

Die anderen Sätze würde ich wie folgt formulieren:

Sie fragte mich, ob Emil gewusst habe, dass seine Zeit gekommen sei.
Ich bestätigte ihr, dass er es gewusst habe.

Die Grundregel:
Die indirekte Rede sollte im Konjunktiv I stehen, wenn dessen Formen eindeutig sind. Sie sollte im Konjunktiv II stehen, wenn durch eine nicht eindeutige Konjunktiv-I-Form unklar bleibt, dass indirekte Rede vorliegt.

Ergänzungen, Erläuterungen und Ausnahmen zur Grundregel findest Du unter dem Lemma "indirekte Rede" im Duden "Richtiges und gutes Deutsch".

Grüße
Julian