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> Daher die Frage, ob die Auslegung von "webbasierend"
> als "auf dem Web basierend" zweifelsfrei und definitiv falsch ist.

Natürlich kannst du dich jetzt an den Strohhalm "in der Regel" klammern und auch ignorieren, dass "webbasiert" so und nicht anders im Duden steht. Du kannst auch den folgenden Eintrag ignorieren:

-basiert (besonders Fachsprache):
drückt in Bildungen mit Substantiven aus, dass etwas (meist ein Gerät, Programm o. Ä.) auf etwas beruht, fußt, mit etwas arbeitet:
komponenten-, netzwerk-, server-, textbasiert.
© DUDEN - Das große Wörterbuch der deutschen Sprache, 4. Aufl. Mannheim 2012 [CD-ROM]

Oder du kannst eine Fußnote setzen oder im Glossar deiner Arbeit vermerken, dass du eigentlich "-basiert" meinst, wenn du "-basierend" schreibst.

Richtig ist in der Orthografie letztlich das, worauf sich der Sprachgebrauch einigt. Und wenn jetzt 1000 Dissertationen erscheinen, in denen immer "webbasierend" statt "webbasiert" steht, wer weiß, vielleicht setzt sich das ja dann durch und irgendwann gilt es als richtig. Du kannst ja schon mal den Anfang machen.

Aber, ganz ehrlich: Ich würde lieber die 500 Stellen noch mal abklappern und das einfach ändern.

Gruß
Julian

PS:
Nur vorsorglich, bevor du noch mal fragst: Ja, ich halte "webbasierend" in der von dir intendierten Bedeutung für definitiv falsch.