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> Aber wenn es ein Vergleich ist, muss man dann nicht die Regel
> anwenden:
> Das Komma muss erst dann stehen, wenn die Vergleiche in Satzform
> formuliert sind.

Genau das hatte ich ja geschrieben ...

> Ich würde meinen, bei den folgenden Beispielen ist das Komma
> dann falsch:

> Sein Vater ging in die Kirche, wie jeden Sonntag.

Dass hier kein Komma nötig, aber möglich ist, hatte ich auch geschrieben (s. dein Beispielsatz aus der Ursprungsfrage).

> Inzwischen war sich nicht sicher, wie seine Mutter auf das, was
> er ihr zu sagen hatte, reagieren würde.

Alle Kommas sind nötig. ... wie seine Mutter auf das [...] reagieren würde ist ein vollständiger (Neben)Satz.

Die anderen Beispielsätze benötigen kein Komma, können dennoch eines bekommen, besser aber Gedankenstriche, falls eine Hervorhebung gewünscht wird (s. meinen 1. Kommentar)

Gruß von Kai