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Es ist beides möglich. Regelmäßig folgt das Gezählte dem Kasus der Mengenangabe (bei Nominativ und Akkusativ immer). Steht die Mengenangabe aber im Dativ, kann statt ebenfalls im Dativ auch im Genitiv oder Nominativ angeschlossen werden.

Ich persönlich würde hier den Dativ wählen. Million ist zwar eine Maßeinheit, letztlich aber auch einfach nur eine Zahl. Deshalb würde ich sagen: In einer Million Jahren, genau wie in 200 Jahren. In einer Million Jahre ist aber nicht zu beanstanden.