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> Wenn jetzt "klares Wasser" ein fixer Ausdruck wäre,
> würde man dann das zweite Adjektiv auf "n" enden
> lassen? (Das war v.a. meine Frage, nicht wirklich wegen dem
> Komma.) Also:
> "mit fliessendem klaren Wasser" so wie "mit
> freundlichem medizinischen Rat" und wo finde ich diese
> Deklinationsregel der -erklärung im Duden?

Das Handbuch Zeichensetzung merkt im Abschnitt 52 Folgendes an:

Manchmal können Sie aber auch frei entscheiden, ob Sie zwei Attribute als gleichwertig kennzeichnen möchten oder nicht:

Im Herrenzimmer standen wuchtige, eichene Möbel.
(Aufzählung zweier gleichwertiger Eigenschaften: Die Möbel sind wuchtig und bestehen aus Eichenholz.)
Im Herrenzimmer standen wuchtige eichene Möbel.
(Gesamtbegriff: Die Eichenmöbel sind wuchtig.)

Liegt in Ihrem Fall folgende Lesart vor

Das kalte Wasser ist/war fliessend und nicht etwa das trübe Wasser,

so tritt im Dativ in der Regel Wechselflexion ein.

Ergo:

mit fliessendem klaren Wasser

Das schwach deklinierte Adjektiv ist dann dem stark deklinierten Adjektiv untergeordnet.
Das macht sich außerdem an der Betonung bemerkbar: Das letzte Adjektiv wird schwächer betont.

Exkurs:

Vielleicht muss es in Ihrem Fall mit fliessend kaltem Wasser lauten.

Wie komme ich drauf? Durch Nachschlagen im Duden-Band 9, „Richtiges und gutes Deutsch“, unter Lemma Adjektiv im Kapitel 2 „Prädikative und adverbiale Verwendung von Adjektiven: Das Urteil des Richters war mild - in einer ähnlich schwierigen Lage“.

Unter anderem wird dort Folgendes erklärt:

In Beispielen wie in einer ähnlich schwierigen Lage; ein frisch gebackenes Brot; ein schneidend kalter Wind bleibt das Adjektiv unflektiert, weil es das folgende Adjektiv oder adjektivisch verwendete Partizip näher bestimmt. Es ist folglich kein gleichrangiges Adjektivattribut zu den übergeordneten Substantiven, sondern Adverbial zum Adjektiv. Wenn man sagt in einer ähnlich schwierigen Lage, bezeichnet man die Schwierigkeit der Lage als ähnlich. Wenn man hingegen sagt in einer ähnlichen[,] schwierigen Lage, dann spricht man über eine Lage, die sowohl schwierig als auch ähnlich ist. Der adverbiale Gebrauch kann folglich genutzt werden, um deutlich zu machen, worauf sich das Adjektiv bezieht: In Du hast schön warme Hände wird ausgedrückt, dass der Wärmegrad der Hände angenehm ist. Du hast schöne warme Hände hingegen könnte man hingegen so verstehen, dass die Hände schön sind. Es geht hier also wie bei der Unterscheidung zwischen Parallelflexion und Wechselflexion bei mehreren aufeinanderfolgenden deklinierten Adjektiven (↑ 1.4) um die Unterscheidung zwischen Unter- und Nebenordnung. Das bedeutet aber nicht, dass man prinzipiell die Möglichkeit hätte, ein Unterordnungsverhältnis sowohl durch Wechselflexion als auch durch die Verwendung eines unflektierten, adverbial gebrauchten Adjektivs anzuzeigen. So kann man beispielsweise nur sagen nach langem schweren Leiden, hier kann man lang nicht adverbial verwenden. Umgekehrt kann man nicht jedes Unterordnungsverhältnis durch Wechselflexion kennzeichnen, sondern manchmal ist nur der adverbiale Gebrauch möglich: mit angenehm knusprigem Brot.