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Richtig ist die Schreibweise mit Komma:
"Was lange währt, wird endlich gut."
Genau so steht es auch im "Duden - Deutsches Universalwörterbuch" unter dem Stichwort "währen". Es handelt sich um einen Relativsatz, bei dem im Nebensatz nach dem Komma dasjenige erklärt wird, was im ersten Teil des Satzes bezeichnet wird.
Grüße
Julian