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> Die Niederlande sind zweifellos grammatisch
> weiblichen Geschlechts

Nein, es handelt es sich um den Plural von "(das) Niederland". Ansonsten stimmt Deine Beobachtung weitgehend (allerdings "in den Irak", männl.) und wird durch folgenden Hinweis im Duden 9 ("Richtiges und gutes Deutsch") gedeckt:

Die Präposition in (mit Akkusativ) bedeutet »in etwas hinein« und steht vor Substantiven (und Namen) mit Artikel: in den Wald gehen, in die Stadt fahren, in die Schweiz reisen, in die USA fliegen. Da in jedoch vor artikellosen Siedlungs- und Ländernamen die Ruhelage (Frage: wo?) bezeichnet, tritt bei Richtungsangabe dafür nach in der Bedeutung »in eine bestimmte Richtung hin« (eigentlich »in die Nähe von«) ein: nach Frankfurt fahren, nach Italien reisen, nach Amerika fliegen.

Grüße
Julian