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> es geht hier um eine bezeichnung von zwei instituten, die neu
> fusioniert werden.
Wäre die Aussage "von Bonn bis Berlin" würde ein Halbgeviertstrich (auch als Gedankenstrich bekannt) stehen. Ein Wortzwischenraum steht hier nicht; der Typograph setzt aber ein sog. Spatium.
Bei dem "Flughafen Köln/Bonn" wird es per Schrägstrich gelöst, was auch meine Empfehlung wäre. Geht dies nicht, nimm am besten einen Bindestrich ohne Abstand.