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Die beiden Sätze sind beide richtig, aber sie haben verschiedene Bedeutungen.
Im ersten Satz (Es sei x die Länge des Zaunes) wird beschrieben, dass x die Länge des Zaunes ist. Besser wäre "x sei die Länge des Zaunes."
Im zweiten Satz (Sei x die Länge des Zaunes) wird x befohlen, die Länge des Zaunes zu sein. Das ist sinnlos, aber grammatisch korrekt.

Üblich ist seit einigen Jahrzehnten die zweite Formulierung, weil sie in Fachbüchern und von Mathelehrern verbreitet wurde. Dadurch wird sie natürlich nicht besser. Missverständlich ist sie aber wohl eher nicht.